新王朝的建立向来是兔死狗烹，更何况如此功高的吴三桂，而且吴三桂手握重兵，性格反复。对于朝廷来说，吴三桂是整个朝廷最大的不确定因素，这是历代帝王都不能容忍的。康熙二年，朝廷以各种理由收缴吴三桂的平西大将军印，弱其兵权。吴三桂同时以苗蛮挑衅为由扩充军饷，以此对抗朝廷。两方如此摩擦对立了十年之久，终于在最后爆发开来。少年康熙同样是少有的雄才君主，为了巩固满清统治决心撤藩，吴三桂连同尚可喜耿精忠共同反叛，也就是历史上著名的三王之乱。

综上所述，吴三桂为什么反清？其实吴三桂只想做个异姓藩王永镇云南，荫庇子孙。但朝廷绝不允许威胁国家统治的因素，必须削藩，那么吴三桂反清也就不得不为。总归来说，还是朝廷与吴三桂之间不可避免的矛盾才是吴三桂为什么反清的原因。