孙传芳对奉系军阀的胜利，极大地鼓舞了东南各省。随后，鄂、皖、赣三省直系将领公推吴佩孚、孙传芳共主大计。1925年11月25日，孙传芳从徐州凯旋，成立浙、闽、苏、皖、赣等五省联军，自任联军总司令兼江苏总司令，聘日本军官冈村宁次为高等军事顾问，开办联军军官学校，自兼校长，成为直系后期最有实力的军阀。其鼎盛时总兵力达20多万人，并同时拥有海军和一支航空队。
1926年6月，北伐军北上，反对军阀反动统治。张作霖、吴佩孚、孙传芳是革命的三大对象。9月，北伐军进入江西，孙传芳以“保境安民”为口号，亲自赴九江督战。经过数月激战，孙传芳损兵折将，被迫“放弃闽赣、退保江浙”，与北伐军进行对垒。北伐军多次奉劝孙传芳投降，孙传芳却坚持“讨赤”立场，拒绝谈判。11月，孙传芳微服简从，密潜天津，和张作霖捐弃前嫌，化敌为友。在孙传芳的怂恿和拥戴下，张作霖组建“安国军政府”对抗北伐，孙传芳被任命为安国军副司令，兼五省联军总司令。1927年8月，在南京龙潭一带，孙传芳的部队与北伐军展开激战，几乎全军覆没。1928年春，孙传芳被张作霖任命为鲁西前线总指挥，与蒋介石、冯玉祥的部队作战，失败后逃回济南。6月初，张作霖在沈阳皇姑屯被炸死，孙传芳的部队残部撤至河北滦州一带，在走投无路的情况下，宣布解体，所部被国民革命军第三集团军收编。
1928年底，孙传芳退至关外，寓居东北沈阳，被东北军张学良礼遇为“客卿”，后来，又托辞躲到大连。12月，东北易帜，孙传芳、张学良关系日渐疏远。1930年，阎锡山、冯玉祥联合反对蒋介石的军事独裁，孙传芳喜出望外，秘密加入反蒋同盟，但是，随着阎锡山、冯玉祥在“中原大战”的失败，孙传芳东山再起的美梦也彻底破灭了。
1931年，“九·一八”事变爆发后，孙传芳举家由东北迁至天津隐居。孙传芳初寓天津，开始很不习惯，这位在势力强大的时候曾经狂妄地宣称“秋高马肥，正好作战消遣”的军阀，一直视血流成河为人间美景，以草菅人命为天下寻常儿戏。他曾经公开标榜替天行道的杀人主义，说什么：“天生万物以养人，人无一德以报天，杀杀杀杀杀杀杀!”一口气七个“杀”字，并屡次搬出曾国藩麾下大将彭玉麟的联语“烈士肝肠名士胆，杀人手段救人心”为自己辩解。现在，闲居天津，孙传芳自然不甘寂寞，便转向在政治上与蒋介石政权较量。当时国家主义派党魁曾琦、李璜、左舜生、张君劢等时常和他联系，不断以政治舆论给国民党制造麻烦。孙传芳的这些举动也引起了蒋介石的不满。
1932年，日本帝国主义支持反蒋势力，不断挑起事端，借此排挤国民党地方政权。日本军界“精英”土肥原贤二、冈村宁次等也和孙传芳多有往来，并把孙传芳作为华北伪政权的首选人物。为防止“华北政权特殊化”进一步发展，蒋介石指令国民党在津特务组织加强对反蒋分子和北洋政府下台政要的监控。孙传芳自然是重点受控人物之一。
面对如此复杂的政治局面，孙传芳深知自己的处境，所以公开声明不被任何政权利用，并且闭门谢客，深居简出。
这个时候，同样居住天津的原皖系国务总理靳云鹏看出孙传芳心绪烦乱，无所适从，遂劝其皈依佛门，借以超脱凡念。1933年，靳云鹏联合孙传芳，两人共同出面，将座落在东南城角草厂庵的清修禅院，改名为天津佛教居士林，由靳云鹏任林长，孙传芳任副林长，并规定每星期日居土们来林念经，由富明法师主讲。靳云鹏、孙传芳这两个曾经显赫一时的人物亲自领拜，在佛教居士中产生了很大的号召力，信徒们辗转相告，陆续参加活动的达三千多人。
孙传芳皈依佛门之后，法名“智园”，开始到处宣扬“英雄到老终归佛，名将还山不言兵”的思想。他让家人炎夏时在家门前放置绿豆汤，免费供应过往行人消暑解渴。1933年中秋夜，孙传芳抓获了一名入宅行窃的盗贼，却大发慈悲，让家人给盗贼施舍了一些粮米，将其放归。孙传芳的善举被传开后，新闻界即以《孙公馆缉贼赏米，中秋夜乐善好施》为题加以报道。正当世人对“孙联帅如今已放下屠刀立地成佛了”的猜测议论纷纷，不知道这个杀人魔王是真心悔悟还是逢场作戏掩人耳目的时候，1935年11月，居士林的殿堂里，随着刺客施剑翘的几声枪响，孙传芳立即毙命，也让对他进行观望的人们失去了继续考察的对象。