司马睿妻子皇后虞氏，养育司马绍而鲜卑妻子荀氏生司马绍和司马裒。郑阿春生晋太宗，石氏生东海王。值得一提的是，司马睿的儿子中，晋明帝被评价是挽救晋朝能强本弱枝的贤君。司马裒是支持祖逖北伐的主力。晋太宗被习凿齿评价是生平所未见的杰出人物，司马冲也在朝中担任要职。司马睿的两个儿子都因为历史功绩大有庙号。