苏东坡在杭州四年,之后又官迁密州、徐州、湖州,因“乌台诗案”被贬为黄州副使,这期间,王朝云始终紧紧相随。在黄州时,他们的生活十分清贫。元丰六年,王朝云为苏东坡生下了一子,取名遂礼。
宋神宗驾崩后,宋哲宗继位,任用司马光为宰相,全部废除了王安石的新法;苏东坡又被召回京城升任龙图阁学士,兼任小皇帝的侍读,这时的苏东坡,十分受宣仁皇太后和年仅十二岁的小皇帝的赏识,政治上春风得意。苏东坡又不时怀念起死去的结发妻子王弗:十年生死两茫茫,不思量,自难忘。千里孤坟,无处话凄冷。纵使相逢应不识,坐满面,鬓如霜。夜来幽梦忽还乡,小轩窗,正梳妆。相顾无言,唯有泪干行。料得年年肠断处,明月夜,短松冈。
两年之后,苏东坡再度被贬任杭州知府。杭州百姓非常爱戴他。此后苏东坡又先后出任颖州和扬州知府。宋哲宗用章惇为宰相,政见不同的苏东坡被贬往南蛮之地的惠州,这时他巳经年近花甲了。身边姬妾陆续散去,只有王朝云始终追随。
王朝云在惠州又为苏东坡生下一子,取名干儿,产后身体虚弱,不久便溘然长逝,年仅三十四岁。朝云死后,苏东坡将她葬在惠州西湖孤山南麓栖禅寺大圣塔下的松林之中,并在墓上筑六如亭以纪念她,亭柱上镌有一副楹联:不合时宜,惟有朝云能识我;独弹古调,每逢暮雨倍思卿。