部分慈善组织的遗体掩埋统计数据，目前还存在着相当大的争议

　　上述慈善组织的遗体掩埋活动，除了世界红卍字会南京分会外，概不被日本的“虚构派”(日本政、学界，对“南京大屠杀”的立场，存在着屠杀派、中立派、虚构派三大派别)所承认。虚构派常引用日本特务组织成员丸山进之言：“崇善堂和其他弱小团体向自治委员会提出了作业申请，自治委员会因为已将埋葬事务统一委托给了红卍字会，所以没有接受这些申请。他们即使作为下包方从事了埋葬，其埋葬的作业量也是被包括在红卍字会的作业量之中的。”⑤这种辩解，终是缺乏说服力，如崇善堂，即确曾致函南京伪政府请求补给汽车零件以便于遗体掩埋，该函并未经由世界红卍字会南京分会。

　　不过，民间慈善团体所提供的遗体掩埋数据，确实存在不少疑问，其中又以崇善堂的统计数据最具争议。如学者程兆奇所言：

　　“崇善堂之掩埋工作共分四队，每队除主任1人，另有日给米八合队员1人和日给米六合队员10人，此数字出自战后《南京崇善堂掩埋队工作一览表》附件，其时揭露日军暴行惟恐不及，所以断无少报的可能。其中，第一队4月9日至18日间共埋尸体26612具，包括主任在内的12人，每人每日平均掩埋近222具，第二队4月9日至23日间共埋尸体18788具，每人每日平均掩埋约104具。

　　第三队4月9日至5月l日间共埋尸体33828具，每人每日平均掩埋近123具。第四队4月7日至20日间共埋尸体25490具。每人每日平均掩埋近152具，四队在这一时期人均日掩埋150具。而红卍字会的人均日掩埋数，以12月28日6468具掩埋最高之日计，600名员伕人均不到11具(红卍字会参与人手不明确。

    但据战后报告，有“增派员伕六百名”之目，虽然增派此员伕数时未必是12月28日，但该会掩埋工作自日军进城第二日即已开始，未尝间断，故员伕人数和掩埋人数大体应成正比，而“增派员伕六百名，理当不止600名，故以600名计不致有大出人)。堂、会人均掩埋数字相较，崇善堂是红卍字会最高日的近14倍，多出太多，不免令人生疑。”

　　这种统计数据方面的争议，也是中日两国学者难以在大屠杀人数上达成一致意见的原因之一。日方学者之大致意见，可参见“中日共同历史研究”项目之总结：“日军的屠杀行为导致的死亡人数，……在日本的研究中，则以20万人为上限，有4万人、2万人等各种推算。对于牺牲人数的各种不同说法，其背景是对‘虐杀’的定义、所定地区、时期及埋葬记录、人口统计等资料的验证存在差异。”不过，究其根本，数量并不是南京大屠杀的核心问题;核心问题，乃是大屠杀这一历史事实，不容置疑。