对立统一是赫拉克利特主张的另一大影响重大的思想，赫拉克利特认为每一个事物都有对立面，每一个事物也都在对立的性质下统一，有了对立才有统一，才能有这个世界，世界在对立和统一的矛盾中形成，有了对立和统一才能为这个世界产生和谐。赫拉克利特的这一矛盾的思想也充分体现出赫拉克利特对哲学的认知是伟大的。赫拉克利特主张无神论，反对传统宗教的祭神行为，只承认永恒的活火是神，他觉得永恒的活火是理性的神，不是人们盲目崇拜和无条件相信的那些神，为之后西方哲学从宗教中走出，做出了巨大贡献。