彭德怀案件
粉碎“四人帮”后，邓华重新回到部队工作，担任中央军委委员、军事科学院副院长。他把自己晚年的大部分精力花在为彭德怀平反昭雪上。1978年，当时的中央领导人还在坚持“两个凡是”。彭德怀的案件也是毛泽东亲定了，很少有人敢翻这个案。但是，邓华有胆子闯禁区。
毛泽东与彭德怀
他在十一届三中全会的小组发言中，明确表示1959年整彭搞错了。他说：“彭德怀同志为了纠正‘大跃进’的缺点，为了纠正共产风、浮夸风、瞎指挥风，使党和人民的事业更好地发展，向党中央写信反映情况提自己的意见是可以的，是符合党章规定的，决不能说成是反党。”
在邓华等人的争取下，中共中央为彭德怀平反昭雪，恢复名誉，并举办了追悼大会。由于过度疲劳和激动，参加完追悼会，邓华就病倒了，由感冒转为肺炎，住进三○一医院。浦安修带着金光闪闪的烟盒来看邓华，说：“彭总对因他的事而无端连累许多人，非常难过。他很想念你，这个烟盒一直带在身边，想送给你，苦于没有适当的机会。被绑架前，他可能意识到自己来日不多，便留下纸条，吩咐由我们转交给你。这个愿望在他死后四年总算如愿了。”
邓华睹物思人，心潮起伏，眼睛闪着泪花，说：“我已经戒烟了。但是，这个烟盒我收下，看到它，我就好像见到了彭总。”他轻轻地抚摸着烟盒，对浦安修说：“彭总对我很好。我现在对你却不能有什么帮助，非常遗憾。”
浦安修也动情地说：“快别这么说了。我现在挺好，只是希望你早日康复。”
邓华说：“我命大。打仗打不死，整也整不死，斗也斗不死，病也病不死，我就是不死。”
平反恢复名誉
1980年5月初，邓华获悉党中央和中央军委批准了为他彻底平反恢复名誉的文件，十分高兴，准备尽快返回北京。5月4日，他取道上海北上，计划在上海停留数日，检查身体，然后到南京看望许世友、杜平等老战友。
邓华旧照
他住在上海延安饭店，一有空闲时间，便继续写作《关于未来反侵略战争和国防建设的几个问题》的论文。一日，他突感不适，随之高烧不止，迅即被送往华东医院。入院后，医生全力诊治，但高烧难退，经常处于昏迷状态。
关于他的平反问题，解放军总政治部于1980年3月20日向中央军委和党中央写出了复查结论报告。中共中央和中央军委批准了这个报告。
报告中写道：“按照党的十一届三中全会处理历史遗留问题和中发(1979)49号文件精神，经复查，1959年给邓华同志定的错误性质是不对的，不是实事求是的，对邓华同志的批判斗争和撤销职务的决定是错误的;所谓七条主要错误，是没有事实根据的，属于诬蔑不实之词，应当予以推倒。文化大革命中，四川给邓华同志强加上‘彭黄反党集团重要成员’、‘参与贺龙二月兵变’、‘李廖死党’等莫须有的罪名，进行批斗和专案审查是错误的。建议：撤销林彪在1959年9月军委扩大会议上宣布的给邓华同志撤销职务的处分决定，撤销批判邓华同志领导小组给军委和总政治部的报告及整理的有关材料，给邓华同志彻底平反恢复名誉。”解放军总政治部于同年5月7日向全军发出《关于邓华同志问题复查结论的通知》。
邓华于1978年12月22日在党的十一届三中全会上正式提出平反恢复名誉的要求，直到一年零四个多月之后，方才正式发文。住在上海医院，生命处于十分危急状态的邓华，仍然关切姗姗来迟的平反通知，但终未能亲自一睹这个期盼已久的文件。当他的儿子小穗来到病床边时，他吃力地问道：“我的平反通知传达没有?”小穗答：“军事科学院已经传达了。”他的两眼润湿，断断续续发出微弱的声音：“……多想为党为军队再做点工作呀!……可惜……可惜……来不及了!”