朱由校登基的前三年基本不理政事，前朝后宫都由魏忠贤和客氏掌握着，魏忠祥开始在朝中安排自己的党羽，逐渐掌握了朝政大权。东林党之争之后，魏忠贤的爪牙已经遍布朝廷，魏忠贤也已经可以控制朝中人员的升迁和降职。与魏忠贤亲近的人都得到了升迁，魏忠贤的党羽因此遍布朝野。

魏忠祥领导的东昌也因为魏忠贤的得势而开始为祸四方，这一时期，魏忠贤也开始疯狂的排除异己，无论是用诬告，还是假传圣旨，魏忠贤可以说是为了排除异议无所不用其极。许多忠良和无辜的人都遭到了魏忠贤的戕害而丧命，一时朝野上下怨声载道。

天启七年的时候，朱由校驾崩了，朱由检继位成为了皇帝。朱由检是一位极度厌恶贪污的皇帝，主张为官清廉。朱由检深知魏忠贤的罪过，按部就班的把魏忠贤给设计了。魏忠贤出逃，被朱由检逼得上吊自尽，客氏也被鞭打致死在了浣衣局。到了崇祯二年，朱由检才将魏忠贤的党羽铲除殆尽。