朱之瑜曾经几次被皇帝召见，但是在此之前他见到官场十分的黑暗，官员也并不是那么清廉公正，早已对官场和仕途死心的他只想要做好自己的学问，所以面对皇帝的恩赐他只能拒绝。在一年之内的时间中他三次拒绝了皇恩，这引起了当朝奸臣的嫉妒和愤恨，于是便进谗言诬陷与他，所以他才不得已逃离了生活的地方。而他抵抗清朝完全是出于自己的观点和内心的选择，并不能代表朱舜水和明宗室有关系。