司马绍继位之后，王敦一党越发无法无天，但是王敦最终却病重逝世。司马绍因为温峤的倒戈相向终于铲除了王敦一派的叛军。虽然王敦叛乱落下帷幕，王氏一族也因为王导免受牵连，甚至和皇室保持着微妙的平衡。但是王敦本人就没有那么好的下场了，即使身死，还是免不了被司马绍记恨，司马绍派人把王敦的衣冠冢毁掉，还把他的尸体拖出来斩首，把王敦的头颅挂在朱雀桥南。

最终司马绍还是听从手下的建议，允许王家为身死异处的王敦收尸。司马绍王敦这样的君臣在历史上也不算少见，在王敦死后，显赫的王氏家族虽然没有被解散但也渐渐走出权力的中心。