崇圣寺的建于南诏时期，具体建造情况说法不一，《蒙段诸异僧》记载：“原崇圣寺初建于诏初，为诏王阁罗风与吐蕃国师赞错证盟处，为吐蕃使臣驻地。”大理国内史《大理国僧分五类》载：“蒙氏崇道敬佛，而于城西建八大寺、四道观。其中最壮观为崇圣寺，国师居寺中”。到了南诏劝丰祐时，重用海寿大法师，法师献策：“以南诏为佛国，重修崇圣寺为护国大崇圣寺”。

另据《南诏野史》（胡本、王本）、《白古通记》等史籍记载，当时崇圣寺与主塔建造时，寺基方7里，圣僧李成眉贤者建三塔，屋890，佛11400，铜40590斤，建于南诏第十主丰祐保和十年至天启元年（公元834至840年），费工708000余，耗金银布帛绫罗锦缎值金43514斤。

经南诏之后的大理国，佛教较南诏更为发展，有“佛国”“妙香国”之称。崇圣寺建成之后即为南诏国、大理国时期佛教活动的中心。崇圣寺所崇之“圣”为观音，当时，大理地区对观音崇拜极为胜行。大理国二十二代皇帝中，曾有九位到崇圣寺出家为僧。公元1056年，缅甸国王曾两次来崇圣寺迎佛牙，大理皇帝段思廉在寺中以玉佛相赠。

元武宗时曾“降圣旨”封释觉性为住持僧，保护寺产，免征粮税。元代亦曾加以维修，使得“殿庑焕然复兴，三塔峙立，金碧交辉，巨丽与山埒（相等）”。

明正德九年（公元1514年）五月六日，大理发生强烈地震，崇圣寺遭受严重破坏，“塔裂三尺许”，史藉载“城郭人庐尽纪，中塔（大塔）折裂如破竹，旬日复合，突然无莹”。除雨铜观音殿尚存外，其余殿堂楼房尽毁，贵重文物丧失殆尽。李元阳重修，并写《崇圣寺重器可宝者记》，文云：“寺中重器有五：一曰三塔，二曰鸿钟，三曰雨铜观音，四曰证道歌佛都匾，五曰三圣金像。”其中的苍山胜概楼大型建筑于明代《云南通》载∶苍山胜概楼，在府城西北三里崇圣寺，创自唐贞观年间，上悬鸿锺，唐咸通间铸[10]。至徐霞客到大理时，崇圣寺前仍有“三塔鼎立，……诺四旁皆高松参天。其西由山门而入，有钟楼与三塔相对，势极雄壮”，楼后为正殿，正殿后为“雨珠观音殿，乃立像，铸铜而成者，高三丈”（《徐霞客游记·滇游日记八》）。

崇圣寺的在清咸丰年间烧毁，只有三塔完好地保留下来。

20世纪80年代以来连续进行了崇圣寺的恢复重复。1997年重修钟楼，重铸了“建极大钟”。以后又修建了“聚影池”、重建了“雨铜观音殿”等