另一个可能导致地球生命大规模灭绝的威胁也是来自外空间，那就是未被发现的黑洞。天文学家估计，仅在银河系就存在1000万个黑洞，肉眼看不见黑洞，它们发出的光芒因为巨大的重力而被“吞没”，它们像其他星体一样按轨道运行，因此接近地球的可能性不是很大。　

银河黑洞

但是如果一颗“正常”行星靠近地球，我们能够预先知道，黑洞的靠近却不能预知，只有在行星甚至地球的轨道发生扭曲时我们才会察觉。运气好的话，地球将会在高度椭圆的轨道上运行，导致一些极端气候变化发生，运气差的话，地球的运行轨道会变得非常夸张，以至于脱离太阳体系，人类将陷入未知的命运。

黑洞

美国航天局天体生物学研究所最近抛出的一种理论认为，地球曾在过去与非常密集的巨大太空云相遇，导致地球上的物种全球大灭绝，太空云的经过造成全球范围的结冰。另一种可能性是地球与并不非常密集的分子云相遇，云中携带的粒子穿透了大气层，破坏了大部分臭氧保护层，因此造成了全球物种的灭绝。