司马昱历仕元、明、成、康、穆、哀、废帝七朝，先封琅玡王，后徙封会稽王，历任散骑常侍、右将军、抚军将军等职。穆帝即位后，由太后褚蒜子临朝听政，司马昱升任抚军大将军、录尚书六条事，与何充共同辅政。他即位后，一方面应付桓温，另一方面延续之前的措施，又引王坦之、谢安等人与桓温抗衡，而二人不负众望，最终成功挽救了晋室。372年9月12日去世，年五十三，谥号简文皇帝，庙号太宗，葬于高平陵。

　　为政举措

　　政治

　　司马昱即位为帝后，桓温主控朝政，一步步要消灭反对势力，首先要对付的就是行径嚣张的司马昱同父异母兄司马晞。司马昱即位不久，桓温就诬陷司马晞谋反将其免官，及后逼令新蔡王司马晃自诬与司马晞及殷涓、庾倩等人谋反，以求翦灭陈郡殷氏和颖川庾氏在朝中的势力。随后桓温指示御史中丞司马恬奏请司马昱依法处死司马晞，司马昱不肯，下令再作议论。桓温再次上奏求诛司马晞，言词十分严厉急切，司马昱于是亲手写诏给桓温说：“如果晋室国祚长久，那么你就应该依从早前的诏命从事;如晋室大势已去，那你就让我退位让贤吧。”桓温看后害怕到流汗色变，于是不敢再逼，只上奏废掉司马晞和他三名儿子，并流放其家属。殷涓、庾倩、庾柔等人被灭族，殷氏和庾氏一蹶不振，桓温的威势达至高峰。

　　司马昱一方面应付桓温，另一方面延续之前的措施，又引王坦之、谢安等人与桓温抗衡，而二人不负众望，最终也成功挽救了晋室。

　　外交

　　咸安二年(372年)正月，百济和林邑各自遣使进贡土产。六月，司马昱遣使拜百济王余句为镇东将军，领乐浪太守。

　　历史评价

　　郭璞：兴晋祚者，必此人也。

　　司马睿：子昱仁明有智度。

　　司马岳：会稽王叔履尚清虚，志道无倦，优游上列，讽议朝肆。

　　刘遐、王胡之：会稽王令德雅望，国之周公也。

　　习凿齿：生平所未见。

　　褚蒜子：丞相、录尚书、会稽王体自中宗，明德劭令，英秀玄虚，神栖事外。以具瞻允塞，故阿衡三世。道化宣流，人望攸归，为日已久。

　　王珣：①相王作辅，自然湛若神君。②皇矣简文，於昭于天。灵明若神，周淡如渊。冲应其来，实与其迁。亹亹心化，日用不言。易而有亲，简而可传。观流弥远，求本逾玄。

　　檀道鸾：帝弱而惠异，中宗深器焉，及长，美风姿，好清言，举心端详，器服简素，与刘惔王蒙等为布衣之游。

　　房玄龄：①简皇以虚白之姿，在屯如之会，政由桓氏，祭则寡人。 ②君若缀旒，道非交泰。简皇凝寂，不贻伊害。 ③帝虽神识恬畅，而无济世大略，故谢安称为惠帝(晋惠帝)之流，清谈差胜耳。沙门支道林尝言‘会岙有远体而无远神’。谢灵运迹其行事，亦以为赧(周赧王)献(汉献帝)之辈云。

　　司马光：帝美风仪，善容止，留心典籍，凝尘满席，湛如也。虽神识恬畅，然无济世大略，谢安以为惠帝之流，但清淡差胜耳。

　　王夫之：简文为琅邪王，相晋五年，桓温外拒燕、秦，内攻袁瑾，而漠然不相为援，盖其恶温而忌之夙也。既恶温矣，抑不能树贤能、修备御、以制温，温视之如视肉，徒有目而无手足，故惎之而犹拥立之，以为是可谈笑而坐攘之者也。盖至于听温之扳己以立而遂立焉，则生人之心，生人之气，无有存焉者矣。帝奕未有失德，温诬其过而废之，于斯时也，简文既不能折之以卫奕，则以死拒温而必不立，奉名义之正，涕泣以矢之，温亦岂能遽杀己者?如其不择而推刃于己，则温之逆，受众恶而不足以容，即令己杀而温篡，亦可无咎于天下。乃虽靦然南面，而旋陨天年，位与寿皆朝露耳。等死也，为晋恭、齐顺之饮酖，何如誓死不立，以颈血报宗社哉!温，贼也;简文相其君而篡之，亦贼也;贼与贼以智力为胜负，而不敌者受吞，必然之势也。病而一日一夜四发诏召温入辅，遗诏且云‘君自取之’，乃语王坦之曰：‘天下傥来之运，卿何所嫌。’非但闇弱如谢安所云似惠帝者耳，得一日焉服衮冕正南面而心已惬，易其忌温之心而戴温不忘，乐以祖宗之天下奉之而酬其惠也。洵哉!简文之为贼也。

　　王应麟：晋简文咏庾阐诗云：‘志士痛朝危，忠臣忧主辱。’东魏静帝咏谢灵运诗曰：‘韩亡子房奋，秦帝鲁连耻。本自江海人，忠义动君子。’至今使人流涕。

　　王世贞：自三代而後，人主文章之美，无过於汉武帝魏文帝者，其次则汉文宣光武明肃、魏高贵乡公、晋简文、刘宋文帝孝武明帝、元魏孝文孝静、梁武简文元帝、陈陵後主、隋炀帝、唐文皇明皇德宗文宗、南唐元宗後主、蜀主衍、孟主昶、宋徽高孝，凡二十九主。

　　蔡东藩：会稽王昱，不思讨贼，居然受迎称帝，徒作涕泣之容，反长凶残之焰，朝危主辱，嗟何及乎?

　　余嘉锡：简文虽受制于权臣，而能保全海西公及武陵王晞。其人盖长者而短于才。然其言不恶而严，足令桓温骇服。即次一事，以视惠帝之听人提掇，弑母杀子，戮舅废妻，皆懵然不能出一语者，想去何止万万!