明王朝灭亡，清军入关后，明朝宗室在南方先后拥立5位明朝宗室分别建立了5个抵抗政权。1644年5月，福王朱常洵世子朱由崧在明朝旧臣的拥立下南京称帝，改明年为弘光元年，弘光在位一年即被清兵俘虏杀害。接着，隆武在福建即位，也只活了一年多就倒台了。1646年11月，桂王朱由榔在广东肇庆登基，称永历帝。包括弘光政权、隆武政权、鲁王监国、绍武政权和永历政权，共计存在18年，历史上把这5个政权统称为南明。这是崇祯皇帝作孽，自己上吊煤山，又不让太子去南京镇国，连一份像样的遗诏都没留，没办法大伙只有各自为王了。其中以永历政权存在的时间最长。郑成功原奉隆武皇帝朱聿键为正统，朱聿键赐名朱成功，其国姓爷称谓即由此而来。1646年，清军攻入福建，隆武政权灭亡。同年，朱由榔在广东肇庆建立永历政权，称为当时唯一的朱氏抵抗政权，因此原弘光、隆武、鲁王监国、绍武等4个政权的许多旧臣官员以及农民军残部均聚集在永历政权的名义下继续抗清，郑成功就是这种形式下奉永历为正朔。1654年，永历皇帝封郑成功为延平郡王，郑氏家族的王号也由此而来。顺便说一下，1657年，永历晋封郑成功为潮王，但郑成功坚辞不受。
弘光政权 顺治元年（明崇祯十七年，1644年）五月初三首先建立。由马士英、史可法等奉明福王朱由崧监国于南京。五月十五日即皇帝位，年号弘光。朱由崧，明神宗之孙，福王朱常洵之子。初封德昌王，进封世子。崇祯十六年嗣封福王。次年初，农民军扫荡北方，朱由崧流亡淮上。时南京之明残余势力议择君以定南都，然后挥师北上。曾出现拥潞王与拥福王之争，最后马士英恃势逼史可法等同意立福王朱由崧为帝。马士英等以拥戴有功，把持朝政，起用阉党余孽，贪赃枉法，与高弘图等东林余党针锋相对。清顺治二年三月，宁南侯左良玉称奉太子密诏，入诛奸臣马士英以清君侧，起于武昌，进逼南京。时清军迅速南下，连续破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。随后，清军渡长江，克镇江。弘光帝被迫出奔芜湖。五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降；二十二日朱由崧被获，解北京处死。弘光政权覆灭。
隆武政权 顺治二年闰六月初七，明福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周及南安伯郑芝龙、靖虏伯郑鸿逵等，奉唐王朱聿键称监国于福州。闰六月二十七日称帝，改福州为天兴府，以是年为隆武元年。朱聿键，朱元璋九世孙，端王朱硕熿之孙。崇祯五年嗣立唐王，九年因率兵勤王擅离南阳获罪，弘光时获释。顺治二年五月避乱经杭州，适南都已亡，郑鸿逵等迎之入闽。隆武政权建立之初，俨然有所作为，集廷臣议抗清战守。即位不及半月，即下诏亲征，影响颇大。江浙、安徽、江西各地义军纷起，响应抗清号召。然而军政大权掌握在地方实力派郑芝龙手里，隆武本人也为其挟制，实际并无建树。三年七月，清军攻下浙东浙南，即挥师南下。郑芝龙暗中与清军洽降，撤兵还安平镇。福建门户敞开，清军长驱直入。隆武帝出奔汀州，八月二十八日被清军追及擒杀，隆武政权灭亡。
鲁王监国 清顺治二年闰六月二十八日，在浙江余姚、会稽、鄞县等地抗清义军及故明官吏缙绅的扶持下，明鲁王朱以海监国于绍兴。朱以海，朱元璋十世孙，鲁王朱寿镛第五子。崇祯十七年二月嗣王位。鲁王政权建立后，控制浙东绍兴、宁波、温州、台州等地，拥有浙中义师及原明总兵方国安、王之仁部，且凭借钱塘江天险，曾汇兵合攻杭州。但其政权腐败，热衷于与隆武朝争夺皇统，势同水火。顺治三年六月不战而溃，朱以海出海至舟山。清军迅速平定浙东，鲁王大臣张国维、朱大典、孙嘉绩、王之仁等先后死，方国安、马士英、阮大铖等降清。该政权建立不到一年即告灭亡。
绍武政权 顺治三年十一月初二，大学士苏观生、隆武辅臣何吾驺等于广州拥立朱聿键之弟朱聿鐭为帝，改元绍武。同年十二月十五日，清军李成栋部攻入广州，朱聿鐭等皆死。绍武政权仅存41天。
永历政权 顺治三年十一月初八日，明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜等拥戴桂王朱由榔于肇庆称帝，以次年为永历元年。朱由榔，明神宗之孙，桂恭王朱常瀛少子。初封永明王。为人懦弱寡断，昏庸无能。在抗清名将何腾蛟、瞿式耜、堵胤锡、郑成功等的支持下，尤其是大顺、大西农民军与之联合抗清，永历政权得以生存下来，支撑台湾及中南、西南数省半壁江山，声势颇大。顺治五年春收复了湖广、湘桂部分地区。顺治九年收复广西全境。接着北取长沙，东扫江西，收复二州16郡。但永历朝政腐败，统兵将帅专横跋扈，朝廷中宦官专权，朋比为奸，内讧激烈。顺治十五年四月，清军主力从湖南、四川、广西3路进攻贵州，年底进入云南。大西军精锐损失殆尽。十六年正月永历帝狼狈西奔，进入缅甸。十八年吴三桂率清军入缅，同年十二月永历帝被俘。次年四月与其子等被吴三桂缢杀。南明最后一个政权覆灭。
1、隆武二年/清顺治三年十一月，隆武帝被清军俘获，自缢。其弟唐王朱聿鐭称帝，预定改次年为绍武元年，然同年十二月（公历已是1647年初）即兵败自缢，“绍武”年号从未使用。
2、绍武帝死后，郑成功不知道永历帝已即位，于永历二年在南澳岛拥立淮王朱常清为监国。次年，永历帝使者抵达南澳，宣读诏书，朱常清主动取消监国之位，东武年号也没用过。
3、朱亨嘉表面监国实际称帝，将他之前除朱元璋以外所有明朝皇帝的帝号、庙号、年号全部废除，称洪武278年。
4、永历十三年/清顺治十六年（1659年）朱由榔出逃缅甸，这实际已标志着南明灭亡，此时南明在大陆境内已无寸土。
5、永历十六年/清康熙元年（1662年），缅甸国王莽白发动“咒水之难”，杀害永历帝侍从和官员，扣押永历帝及其家眷，将其交予已攻入缅甸的吴三桂，明朝彻底宣告结束。但台湾的东宁王国（明郑）一直使用永历年号直到永历三十七年/清康熙二十二年郑克塽降清为止。其实东宁王国此时已经成为事实上的独立政权。
6、关于“定武帝”是否真实存在，究竟是谁，一直有争议。此人最早出现于清朝查继佐所著野史《罪惟录》，该书称其本为明朝韩王朱本铉，被李自成部将郝永忠（郝摇旗）拥立为皇帝，年号“定武”，活动于长江中上游地区，直到定武十九年/清康熙三年才被吴三桂剿灭，是南明诸小朝廷中存在时间最长的一个。但这种说法破绽太多，可信度不高，当代史学家顾诚所著《南明史》倾向为以讹传讹之虚构人物。现代学者钱海岳《南明史》认为定武帝是宗室朱璟溧，而孟森则认为定武帝是第十五代韩王朱亶塉，但证据也不充分。
但南明覆亡于哪里？永历皇帝葬身何处，则成了一桩众说纷纭的历史悬案，至今众说纷纭。南明永历皇帝究竟覆亡于哪里？
说法一：据《南明史》中的记载，南明最后一个皇帝永历皇帝朱由榔被吴三桂处死与云南昆明绞死于金蝉寺，其小骨葬于金蝉寺后山，此为一说。其二说为朱由榔的大骨由吴三桂的下属带往北京作证，但这些大骨究竟葬于何地，至今也未发现。
说法二：《贵州史》云：“十三年（1460年）永历奔缅甸”，但以后下落未作说明。故宫的一份史料称：“永历帝在从贵州去云南的途中，在黑羊箐（今贵阳）河边遭清人杀害，那条河，自此称为‘南明河’”。没有文物作证，难以信服。
说法三：《中国姓氏通书吴姓》记载：“吴三桂出征缅甸，俘获南明永历帝桂王朱由榔，旋即将其绞死”。但葬于何处没有交代。
说法四：黔南州政协刘泽渊先生2005年在贵州省政协主办的《文史天地》杂志上发表了“都匀永历皇帝陵”之说。由于没有出土重要的文物予以证实，可信度几乎为零。
有许多文本记载关于永历帝被吴三桂等清人杀害还是难以让人信服的。
首先，从常理上推想，永历皇帝是亡国之君，不可能像普通人那样一杀了之或者顺顺便便就可宰杀。更何况在我国古代社会，杀人尤其是斩杀乱臣贼子或者亡国之君等都须得验明正身（至少也得在死后验明正身）。
其次，就算吴三桂早有谋反之心，先斩后奏，但绞死永历皇帝的时间与南明灭亡的时间不吻合。吴三桂绞死永历帝是清朝顺治皇帝十八年（公元1661年），而南明则亡于康熙元年（公元1662年），两者相差一年的时间，这就说明在永历帝死去后一年多的时间里，南明朝廷还是继续存在的，这显然也不合常理。