嘉庆十年（1805年）四月，颙琰查禁西洋人刻书传教。
嘉庆十年（1805年）五月，诏内务府大臣管理西洋堂，未能严加稽查，任令传教，下部议处，其经卷检查销毁，习教佟兰等获罪。
嘉庆十一年（1806年）九月，直隶查出假雕印信，串通银号，虚收冒支大案。
3、执政中期
嘉庆十三年（1808年）正月，皇二子绵宁释奠孔子，九月，英国兵船进泊香山洋面，派兵据澳门炮台，以防御法国保护贸易为借口，十二月，颙琰命皇二子绵宁诣大高玄殿祈雪，赐公舒明阿之女佟佳氏为绵宁继福晋。
嘉庆十四年（1809年）九月，蔡迁被福建水师提督王得禄围于定海渔山外洋，裂船自溺，十二月，发生工部书吏冒领户部、内务府官银案。
嘉庆十五年（1810年），二月，颙琰下诏说吸食鸦片有害身体，敕令各督抚断其来源，镇压了爆发于东南海疆的蔡牵起义军。
嘉庆十六年（1811年）七月，颙琰禁西洋人在内地居住，并禁止人民人接触天主教。
嘉庆十七年（1812年）正月，颙琰命皇二子绵宁诣太庙行礼，六月，颙琰将闲散宗室迁移到关外盛京居住，给他们盖房屋并且给田、给银子。
嘉庆十八年（1813年），北方爆发天理教起义，部分天理教徒，在太监接应下冲进皇宫，“酿成汉唐、宋明未有之事”，颙琰下诏罪已，同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮，无一幸免，并捕杀在城外的头目林清等，天理教起义被镇压。
嘉庆十九年（1814年）十一月，颙琰命开垦伊犁、吉林的荒地，十二月，批准两广总督蒋攸铦严禁农民为洋人服役，洋行不得私盖夷式房屋以及清查商欠等各项具体规定。
嘉庆二十年（1815年）正月，颙琰命智亲王绵宁至太庙行礼，三月，两广总督蒋攸铦疏陈查禁鸦片烟章程，十一月，理亲王昭梿削爵圈禁。
嘉庆二十一年（1816年），拒绝了英国提出的建立外交关系、开辟通商口岸、割让浙江沿海岛屿的要求，而闭关锁国的传统观念，也使其对外来事物采取盲目排斥态度。
4、晚年逝世
嘉庆二十二年（1817年）三月，增设天津水师营总兵官，专辖水师两营，六月，松筠疏请停止下年谒祖陵，奉旨严斥，罢其大学士衔，黜为察哈尔都统。
嘉庆二十三年（1818年）正月，谕：“内廷主位之母家，如高斌、缊布等，已入满洲旗分，俱曾各赏满洲姓名书写矣，惟玉牒内孝仪纯皇后之母家姓氏仍单字书写，著交宗人府于玉牒内孝仪纯皇后之母家书写魏佳氏。”
五月，因修《明鉴》，于万历、天启两朝载入先朝开创之事及加按语颂扬，颙琰认为于体例未合，下诏降罚正、副总裁官，并另行纂辑，七月，启銮东巡盛京，十月，回銮谒东陵，万寿节于兴隆寺行宫受贺。
嘉庆二十四年（1819年）正月，颙琰六旬万寿赐宴群臣，封皇三子绵恺为惇亲王，皇四子绵忻为端亲王，五月，成亲王永瑆因为告祭时的礼法有误，被颙琰罢职削俸归第，七月，颙琰因为仪亲王永璇擅自刺探政事，被停止入值军机处，只留内廷行走。
嘉庆二十五年（1820年）七月十八日，颙琰自圆明园起程，前往避暑山庄，一周后，到达山庄，二十五日（1820年9月2日）颙琰在承德避暑山庄突然病死，终年61岁，卒谥“受天兴运敷化绥猷崇文经武孝恭勤俭端敏英哲睿皇帝”，道光帝即位，于“孝恭”前加上“光裕”二字，庙号仁宗，葬河北易县清西陵之昌陵。
《清仁宗实录》这样记载：“此次跸图，偶感暍暑。”证实了嘉庆帝当初是中暑了，但是，单纯的中暑不会死人，可能是由于年事已高，突发心脑血管疾病而暴亡，卒谥受天兴运敷化绥猷崇文经武孝恭勤俭端敏英哲睿皇帝。