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他，革旧鼎新，疏通京杭运河，编撰永乐大典；他，建立了世界第一大舰队，开通海上贸易，建巨型舰队出访海外，与世界各国沟通。是的，从振兴大明朝廷的 角度分析，朱棣是一位英明神武的皇帝。在大明的历史上，凡是影响后世的历史功绩，几乎都出自朱棣之手，他是一位功勋卓著的皇帝。明成祖称帝之后，对建文帝旧臣进行了疯狂的杀戮。尤其是他的所谓“诛十族”和“瓜蔓抄”，手段极为残忍，在历史上颇有影响。
建文四年（1402年）六月，朱棣攻陷京师，清宫三日，对齐泰、黄子澄、方孝孺等一大批忠于建文朝廷的文臣武将用尽极刑。兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子 澄，都是洪武进士，共参朝政，他们由于建议削藩而招致亡族惨祸。当时，黄子澄被列为“首恶”中的第一人。明成祖亲自审问，黄子澄守节不屈。明成祖大怒，命 将他宗族老少65人、妻族外亲380人全部带至，一时“哀号震天”。明成祖命他将自己的罪过写于纸上，他奋笔写道：
“本为先帝文臣，不职谏削藩权不早，以成此凶残。后嗣慎不足法。”
明成祖见此极为恼怒，立命将他的双手砍去，接着又说道：“汝虽未入岛夷，足迹已至海上。”遂命再将他的两足砍去。这时的黄子澄已手足全无。并当即被磔杀。他一家人不分老少，全被斩首，姻亲都被谪戍边疆。
因黄子澄曾躲藏在致仕的袁州知府杨任家中，杨任受到株连，亦被磔杀，两个儿子也被斩首，亲属谪戍边疆。建文遗臣中有许多人惨烈死去。尤其令人目不忍睹的 是，他们的妻女也受到百般凌辱。例如，黄子澄的妹妹和齐泰的一个姐姐、两个外甥媳妇都被发往教坊司，在那里被任意凌辱，有的还生了孩子。这些女子都被刺了 字，在教坊司被人任意糟踏。
齐泰常骑白马，为了避免别人认出他来，就将马用墨涂黑。马走了稍远路程后出汗，墨迹便掉了，有认出他的马的人说：“这是齐尚书的马”，齐泰因此被捕。
在明成祖屠戮建文遗臣过程中，最惨烈、被明成祖“诛十族”的，就是方孝孺了。
方孝孺是建文帝最亲近的大臣之一，建文帝对他十分尊重，言听计从。方孝孺视建文帝为知遇之君，忠心不二。金川门之变后，方孝孺拒不迎降，闭门不出，并为建文帝穿丧服，昼夜啼哭。
明成祖召用他，他不肯屈从。被强迫着来见明成祖时，他身着丧服，当廷号哭。明成祖从殿上走下来问道：“先生无自苦，予欲法周公辅成王耳。”方反问道： “成王安在？”成祖道：“彼自焚死。”方问：“何不立成王之子？”成祖道：“国赖长君。”方说：“何不立成王之弟？”成祖道：“此朕家事。”成祖一边说， 一边示意左右，让他们把笔札交给方孝孺，并说：“诏天下，非先生草不可。”方孝孺投笔于地，且哭且骂说：“死即死耳，诏不可草！”成祖按捺着火气道：“即 死，独不顾九族你好五话寺乎？”方孝孺以更大的声音答道：“便十族奈我何！”成祖顿时大怒，恨其嘴硬，立命左右将方孝孺的嘴割破，直割到两耳，复下狱中，大捕其宗族 门生。每逮系一人，就让他到方孝孺跟前，让方孝孺看一看，但方孝孺却连头都不回。
明成祖这时也横下了一条心，除诛方孝孺“九族”外，将其朋友门生又列为一族，共称所谓“十族”。当差役奉诏逮系其妻郑氏时，郑氏和诸子已自缢而死。受此案株连被逮系的人甚多，仅被磔杀于市的即达873人，谪戍荒徼者不可胜计。
方孝孺最后受戮，磔杀于聚宝门外。他就刑时气宇轩昂，并留下《绝命词》一首：
天降乱离兮孰知其由，
奸臣得计兮谋国用猷。
忠臣发愤兮血泪交流，
以此殉君兮抑又何求？
呜呼哀哉，庶不我尤！
方孝孺有两个女儿，都还年轻，尚未婚嫁，被逮系至京时，二人联袂投秦淮河而死。
在方孝孺之前，中国没有所谓“诛十族”之说，最重的也只是“诛九族”，这种株连已是极为残暴了。历代从来未把朋友门生作为一族，株连到他的朋友门生。明成祖竟诛方孝孺“十族”，确是空前绝后的残暴！
朱棣割兵部尚书铁炫耳鼻，令其自食，还将他投进油锅中烫死；灭户部侍郎卓敬三族；令礼部尚书陈迪食子鼻舌，且族诛180余人；对刑部尚书韦暴昭，先弄断 了他的牙齿，又将他的手足砍断，最后砍断了脖子；御史大夫练子宁不屈，族诛151人，有几百人被贬官或发配边疆。次月，御史大夫景清，为报仇绯衣怀刃入， 事泄，被磔于市，夷九族，先人的坟冢被挖开不说，又到他家乡去搜罗同他有关连的人，称之“瓜蔓钞”，村子被夷为平地。后又有邹谨之案，诛戮甚惨，其妻女或 送教场司，或送兵营任士兵奸宿，手段极其残忍。燕王在朝中以此清除异己，消除了隐患，为自己登基和国家稳定打下了坚实基础，但是也杀戮了一批正直之士，对 士风破坏很大。
明成祖屠戮建文遗臣既残酷，株连面又宽，不知有多少人含冤死去，这件事是明成祖一生的一块大心病。以致他后来时常为自己的残暴而忏悔。
建文四年（1402年）七月一日，朱棣在南郊隆重地行完祭祀天地的仪式后，回到奉天殿，诏令当年六月以后，仍旧使用洪武三十五年作为纪年，次年（1404年）为永乐元年。革除建文中所更改的祖宗成法，一切恢复旧制。七月三日，又诏令用洪武制替代建文时更定的官制。
九月四日及第二年（1403年）五月，朱棣两次大封靖难功臣。建文四年（1402年）十一月十三日，朱棣将妃徐氏册立为皇后。在恢复诸王爵禄后明成祖暗 中开始“削藩”，让在边塞要地称王的迁徙回内地，减少诸王的护卫，同时把诸王对将帅、卫所军的节制指挥权收了回来；重申不许诸王擅役军民吏士的禁令；对地 方事务不可过问，对犯有过失的诸王，先书面警告，不改的话再加以惩罚，仍旧不改就废为庶人或加以惩治。这一策略的实施较建文帝更隐蔽，也更从容，收到了削 藩效果又不致酿成祸乱。
永乐元年（1403年），北平被改为北京，设北京行部诸衙门，将大宁都司迁到了保定。
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