清朝建立初期，人心惶惶，社会动荡不安。江南地区繁华富庶，经济活跃，人口密集，反清复明的呼声很高，斗争接连不断的发生。满清政府为了打击江南士绅的势力，稳定自己在江南的统治，采取了一系列极端措施以整治人心。其中通海案、江南奏销案和哭庙案这三起案件涉及范围最广，被合称为“江南三大案”。这些案件都是清军入关后实行异族统治的必然结果。

通海案发生在清顺治十六年，郑成功从崇明岛进入长江，联合大陆西南地区的南明政权以及南明兵部侍郎张煌言一起北伐，在短短几天内就攻陷了江苏镇江、瓜州等地，直逼江宁，东南沿海地区一时间都为之震动。明朝宗室遗民在暗中接应，为明朝复兴做着准备。但由于种种原因，郑成功的北伐以失败告终，他乘船远去台湾。

当时金坛县令任体坤是个胆小怕事之人，在百姓聚众兴兵之时，将地方金库席卷一空后便弃城逃跑了。局势平定后，清廷下令追查暗中接应郑成功的人，以“通海”罪论处。任体坤借此机会造谣生事，谎称金坛土民造反纳降，与当地经常为非作歹的士大夫王重、袁大受一起诬陷蔡默、于厚等十名儒生，再加上其他仇人，前后共列举了38个人，以通敌罪名上报，意图公报私仇。

江南按察使姚延著为人正直，查清案件，做出了仅判处县令任体坤一人的决断，并将十名儒生全部释放。王重、袁大受等人对结果不服，动用关系贿赂京城御史马腾蛟，希望他立即处死那十名儒生，以免引出其他祸端。不了来往书信内容被泄露，马腾蛟因贪污被处死。牵连其中的兵垣长科孙继昌、冯标、督察员御史冯班等人经过商量，将王重、袁大受与王明试以“通海”罪告发。

顺治帝下令由户部、刑部侍郎以及江宁巡抚朱国治一起审理此案。朱国治是个酷吏，总想着用杀戮立威，提审了王重、任体坤等人，并全部逮捕入狱。然而通海案并没有平息，为了防止郑成功卷土重来，朱国治严查了涉案人员，凡是涉及此案的人，包括之前释放的十名儒生、牵连到的书吏都被判“通海”罪。通海案历经数年，累积65名罪犯被赐死，还有千余人被流放宁古塔，成为了清朝入关后影响最深远的案件之一。