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北元昭宗爱猷识理达腊在扩阔铁木尔的全身心辅佐下，于1372年（北元昭宗宣光二年、明太祖洪武五年）在克鲁伦河和土拉河畔打败徐达率领的明朝北伐军 之中路军（主力）和李文忠率领的东路军，使双方对峙中的重要事件，在北元一方来说，此次大战虽然不是双方战略态势的转折点，但毕竟取得了对明朝在特定范围 内的局部优势，使得北元得以在不断北撤情况下终于能够站住脚跟，稍微喘口气了，在大明一边看来，黄金家族 瘦死的骆驼比马大 ，至少在蒙古人熟悉的漠北， 明军还是很难短时间内占到太多便宜的。
北元昭宗身边又聚集了一批名臣，如太保哈剌章、太尉蛮子、太尉纳哈出等等，在以扩阔铁木尔为骨干的政权体系支撑下，北元似乎重现生机。
在1372年北元在蒙古高原打败明军后，次年，北元军队多次进攻明朝的辽东、云中（今中国山西省大同市）、河曲（今中国山西省忻州市），一度攻入大都北 京近郊的怀柔县境。不过有惊无险，每次都被明军给打了回去。以后，双方在几年里没有战事，人民获得了难得的修养生息的时间。
1375 年（北元昭宗宣光五年、明太祖洪武八年）是蒙古人悲哀的一年 重臣扩阔铁木尔的去世，让昭宗和北元朝廷的悲痛无以言表，更是北元的巨大损失。1378年 （北元昭宗宣光八年、明太祖洪武十一年），昭宗爱猷识理达腊病故，其子（一说其弟）脱骨斯铁木尔即位，是为北元益宗，将次年（1379年）改元为天元元 年。
脱骨斯铁木尔虽然没有北元昭宗那样的雄心勃勃和作为，但承继下来的先朝名臣让他也如虎添翼，特别是扩阔铁木尔死后，盘踞辽阳行省的太尉纳哈出，拥兵数十万，在军事上对明朝构成了很大威胁。
明军在1379年 1382年间，利用脱骨斯铁木尔新登汗位、立足未稳，全面向北元发动了攻势。在北方，派老将徐达、大将沐英一路攻至蒙古高原中心， 擒获北元知院、国公等重臣数名；另一路进攻云南行省，迫使梁王把匝剌瓦尔密兵败自尽；辽阳方面，长期受到蒙古人压迫的女真各部在明朝 抚 的策略影响下也 纷纷归顺明朝。
明军在塞外长期训练和集结，决心在精心准备后择机最后解决北元。1387年（北元益宗天元九年、明太祖洪武二十年）， 明军在基本肃清了东北地区的北元反抗力量后，对北元最强的军事集团 太尉纳哈出发动了总攻。经过半年战斗和不断的 攻心战术 ，纳哈出最终率领20万蒙 古军民向明朝投降。明太祖朱元璋看到北元最强的军事实体的土崩瓦解非常高兴，决定一鼓作气 肃清沙漠 。
1388年（北元益宗天元十 年、明太祖洪武二十一年）四月，明军在经过多年的精心准备后，由大将蓝玉率领15万大军，在捕鱼儿海（今中国和蒙古国交界的贝尔湖）的会战中大获全胜，俘 获北元宗室、后妃、王子等百余人，几乎全部的政府官员3000余名，还有10余万蒙古军民，以及大量的辎重、财宝，益宗脱骨斯铁木尔汗仅率少量人马欲奔赴 哈拉和林，欲与丞相咬住汇合再图他谋，结果，于7月间被阿里不哥的后裔也速迭儿杀死。
益宗之死是北元历史上的大事，一方面，他是黄金 家族自北京北撤以后，最后一位对大多数蒙古人具有号召力影响力的人物，他的离世带来的后果是北元皇（汗）室日渐衰微；另一方面也标志着蒙古人在益宗去世以 后与明朝的南北对峙中，实际上已经不是作为一个整体的力量出现了。值得注意的是，在益宗以后，北元的元首便较少使用过正规的年号、庙号和帝号了，主要称谓 恢复了游牧民族的 汗 号。
从1388年北元益宗之死到1408年（明成祖永乐六年）间的20年中，双方都陷入了内部皇权之争而自顾不暇的境地，明朝对北方以防御为主，侧重于重点经营多处卫、所；北元皇（汗）权式微，也无力组织起象初期那样规模的南征了。
这时的明朝内部也发生了惊人的 事变 ，事情的起源还是在开国皇帝朱元璋，当年他靠徐达等一干大将的战功获得了天下，和历代帝王一样也不能免俗：在采用 秦汉的封建分封制还是采用隋唐元的行省郡县制管理的问题上一度犹豫不决，最后，鉴于来自北元的袭扰和威胁依然长期存在，以及他的几个儿子同样具有大将风 采，因而在对功臣和良将们进行了残酷的清洗后，把几个儿子分封在边地，以作为防御并进攻北元的屏障，其中，第四子朱棣被封在战略要地、故元旧都北京，是为 燕王。
1398年（北元大古皇帝额勒伯克汗六年、明洪武三十一年）朱元璋死后，其孙朱允炆在都城南京即位，是为明惠帝。这位饱读诗书 的皇帝，和北京那边虎视眈眈的叔叔朱棣形成了鲜明对比，建文帝承袭的是爷爷杀死了无数良将功臣后、徒有其表的朝廷以及缺乏战斗力的将士，而燕王的军队那时 虽然人数较少但战斗力很强，尤其在多年与北元蒙古人得军事斗争中积累了丰富的经验，特别是保留了一批太祖创业时期的谋臣悍将之后，因而胜负的天平从一开始 就发生了倾斜。
皇权的争夺是你死我活的，双方都以消灭对方为己任，在北元同样内部不稳、无力南顾的情况下，燕王朱棣取得了最终胜利。1402年（北元顺天皇帝坤铁木尔汗三年、明惠帝建文四年），朱棣战胜朱允炆后自立为帝，是为明成祖，定当年为太祖洪武三十五年，并于次年改元永乐。
几乎同时，北元汗室也是乱象丛生。1388年 1408年，20年间换了5位大汗，而且每个大汗差不多都是以被杀为结局。由于黄金家族的大本营哈拉和林 一直是明军进攻的主要目标，特别是在朱元璋派军于1380年毁掉了哈拉和林城池以后，造成北元的政治中心、经济中心不得不一再西移，西移的原因固然有避开 南方明军咄咄逼人的攻击锋芒的需要，也有北元实力弱化后不得不企图借重西蒙古人和中亚同族势力的需要，当然更主要的还是被明朝的压迫使然。
在益宗脱骨斯铁木尔汗死后，北元连续几代大汗在史料中的记载都不很清晰。但是清晰的是，西蒙古瓦剌部（即铁木真时代的斡亦剌部）趁机发展了起来。这中 间，明朝利用北元皇权的衰微，去拉一方（西蒙古人势力）打另一方（东蒙古黄金家族势力）也是重要原因。不管怎么说，益宗脱骨斯铁木尔汗的离世，标志着拖雷 系黄金家族对蒙古人和北元的控制与影响的大大萎缩。不过，不同的蒙古权臣贵族依然被迫要依靠成吉思汗黄金家族的巨大声望来维系蒙古人的团结，这样一来，以 后的北元虽然对明朝还保持着很大的威胁，只是起主要作用的人物，在相当长的时间里大都出自于西蒙古瓦剌部了。
一直到明成祖朱棣通过 靖难之役 从侄子朱允炆手中夺下皇位，北元都陷于内部纷争和汗位争夺的泥潭里，而无力对明朝发起大规模攻势。

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