明朝皇帝惩治袁崇焕的原因有很多，其中最主要的原因是袁崇焕在镇压辽东民变时犯下了严重错误，导致了辽东地区的大量人口流失和边境安全的严重威胁。

明嘉靖年间，辽东地区发生了一次规模较大的民变，袁崇焕被任命为辽东巡抚，负责镇压这次民变。然而，在镇压过程中，袁崇焕采取了非常残酷的手段，屠杀了大量无辜的百姓，导致了辽东地区的人口大量流失。同时，袁崇焕还将大量的军费挪用于修建自己的豪宅，导致了辽东地区防御力量的严重削弱，给边境安全带来了严重威胁。

面对袁崇焕的错误，明朝皇帝开始对他进行调查，最终发现了他的罪行。于是，明朝皇帝下令惩治袁崇焕，将他革职削籍，并将他发配到远离中央的地方，以示惩罚。

袁崇焕的惩罚，不仅是对他个人的惩罚，更是对明朝官员的一种警示。明朝皇帝通过对袁崇焕的严惩，表明了对官员清正廉洁、不贪污受贿的要求，同时也为后来的官员提供了一个警示和借鉴的例子。

明朝皇帝惩治袁崇焕的原因主要是他在镇压辽东民变时犯下的严重错误，导致了辽东地区的大量人口流失和边境安全的严重威胁。明朝皇帝通过对袁崇焕的严惩，表明了对官员清正廉洁、不贪污受贿的要求，并为后来的官员提供了一个警示和借鉴的例子。