俄罗斯在十五世纪末、十六世纪初开始形成统一的国家。十六世纪下半叶，沙俄势力开始越过乌拉尔山向西伯利亚扩张。1643年，沙俄匪徒波雅科夫等人，沿勒拿河的支流阿尔丹河，侵入我国黑龙江流域。中俄边界东段的问题从此产生。

波雅科夫之后，哈巴罗夫、斯捷潘诺夫等沙俄殖民主义者相继来到。1650年，哈巴罗夫率领匪徒强占黑龙江沿岸的雅克萨，作为他们在黑龙江的主要侵略据点。同年，以索福诺夫为首的一股沙俄侵略军窜到位于石勒喀河与尼布楚河交汇的尼布楚一带。1653年，沙俄殖民者在此强行建了一座小堡寨。这个堡寨不久被当地居民毁掉。但沙俄侵略军在1658年又在这里建筑了涅尔琴斯克堡，实行军事占领，从此这里成为沙俄在黑龙江上、中游地区殖民势力的中心。

1651年，哈巴罗夫率匪徒窜抵黑龙江下游宏加力河口，在附近的乌札拉村修筑“阿枪斯克”，当地赫哲人向清朝宁古塔章京海色报告敌情，海色遂于1652年4月，在赫哲、达斡尔等族人民的支援下，突袭阿枪斯克，第一次正面打击了沙俄入侵者。

清政府为了抵抗沙俄的入侵，还加强了黑龙江地区的防务。1674年修建瑷珲城，1682年建立了齐齐哈尔和墨尔根(嫩江县)两城。1676年把宁古塔将军的治所迁到乌喇(吉林市)。

1685年，都统彭春率水师和步兵进攻沙俄匪徒盘踞的雅克萨，击毙、俘获俄军百余人，拆毁了雅克萨城堡，然后移驻瑷珲。沙俄殖民者不甘心失败，从国内派出大量援军，重新占领了雅克萨。1686年，清军再次围攻雅克萨，击毙托尔布新，全歼了俄军。

清政府一方面在军事上坚决抵抗，一方面写信给沙俄政府，建议谈判。此时的沙俄正忙于在西方跟德意志、瑞典争夺波罗的海的控制权，在西亚跟土耳其争夺黑海出海口，无力大规模东侵，只好接受清政府的建议。

1688年，康熙帝派出了谈判代表，并提出了谈判原则：“尼布楚、雅克萨、黑龙江上下及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于俄罗斯。”就在这时，发生了准噶尔部噶尔丹配合沙俄侵略，前往漠北进攻喀尔喀蒙古的叛乱活动。为了防止他们之间进一步勾结，希望早日与沙俄达成协议，1689年又指示谈判代表：如果俄国代表“恳求尼布楚，可即以额尔古纳河为界。

1689年9月7日，双方签订了《尼布楚条约》，它从法律上肯定了黑龙江和乌苏里江是中国的内河，中方把贝加尔湖及以东的尼布楚一带，让予了俄方。这个条约是双方经过平等协商，中方作出重大让步的情况下谛结的，俄罗斯在条约中得到了很大的实惠!从此，中国失掉了苏武牧羊的北海(贝加尔湖)。