明朝的崇祯皇帝朱由检刚刚登基时，最重用和欣赏的政治团体就是大名鼎鼎的东林党，双方之间的渊源早就存在，崇祯的父亲明光宗朱常洛、哥哥明熹宗朱由校都是由东林党捧上皇位的。
可以说，没有东林党，就没有明神宗朱翊钧的长子朱常洛这一脉延续至崇祯的皇位。再加上崇祯登基之初，把重点要清理的对象放在了东林党的政治死敌魏忠贤身上，因此，东林党成为崇祯皇帝无比倚重的帮手。
崇祯刚登基时，对天启朝依附于魏忠贤的内阁很不满，临时玩笑式地用抽签的方式决定了新的内阁大臣，把此前的内阁大学士全换掉。然后经过一年的调整，至崇祯元年十二月，形成了以韩爌，钱龙锡、李标为主的新内阁。
这三人中，韩爌，钱龙锡是东林党的核心人物，李标虽然号称无党中立，但他的老师赵南星却是东林党元老，以他们为主的内阁构成，标志着东林党在崇祯执政初期，从被魏忠贤残酷打压的悲剧政治团体摇身一变，成为朝堂一霸。
东林党底蕴深厚，有了内阁的主政权，崇祯皇帝也非常信任他们，再加上官职略小的侯恂、钱谦益、黄道周等东林党大佬们在朝堂上的配合，熬过了魏忠贤残酷镇压时期的东林党，似乎看到了他们主政的黄金时期就要到来。
可惜，他们的理想并没有坚持多久，不到两年，东林党就在朝堂上一败涂地，韩爌，钱龙锡、李标于崇祯三年陆续退出内阁，而且，此后的崇祯皇帝一改对东林党的绝对信任，至明亡都不再让任何一个东林党人入阁辅政，把他们完全隔绝在内阁之外，这又是为什么?
崇祯的转变源自于一位明末颇受争议的人物，大名鼎鼎的袁崇焕身上，袁崇焕在崇祯元年受崇祯委任，成为主管辽东军务的蓟辽督师，举荐人是钱龙锡，另外，韩爌也是袁崇焕的座师，有这两层关系，袁崇焕和东林党是一荣俱荣、一损俱损。
辽东军务当时是明朝最重视的一块，蓟辽督师拥有数百万辽饷的分配权，以及整个辽东文武官员的升迁、调配权(袁崇焕上任后，又从崇祯那拿到了登莱地区和皮岛的管辖权)，无论是官员的安插以及辽饷的分配，都是任何政治团体不可忽视的大蛋糕。
所以，东林党内阁在此前的东林党大佬孙承宗去职后，推出了袁崇焕掌控辽东这一块，当然，袁崇焕本也比较合适，他曾长期在辽东任职，还有“宁锦大捷”这样的功绩在手，崇祯亲自考察时，他又用“五年复辽”的美好愿景打动了崇祯，为此，崇祯给予了他不少特权。
崇祯初期，陕西地区的农民起义还没有蔓延至全国，明朝的全部精力都放在辽东，崇祯和东林党重视辽东的军务无可厚非，东林党如果想要坐稳主政的位置，也需要在辽东有重大功绩展露，可恰恰就是崇祯最重视的辽东出事了。
崇祯二年十月，后金大汗皇太极亲率大军绕过袁崇焕防区入侵明朝，“己巳之变”爆发，在这个过程中，袁崇焕应对失利，先是敌情判断错误，葬送了赵率教所部，然后当清军杀到北京城下时，他才赶到，并要求率兵入城，在他被崇祯下狱后，又发生了祖大寿抗旨不尊的事件。
清军的入侵加上袁崇焕的应对失误给了东林党的政敌，浙、楚、齐等其余政治党派机会，在清军依旧还在河北大地肆虐时，他们就开始联合起来对东林党发难，内阁加辽东的位置，好大一块蛋糕。崇祯二年十二月袁崇焕下狱，崇祯三年八月被处死，这八个月时间，就是东林党和其余党派的斗争时间，从历史结果看，东林党失败了。
崇祯三年时，崇祯皇帝也不过才刚刚二十岁，意气风发的他还等着东林党帮助他挽回明朝的颓势，帮助他消灭辽东后金这一大患，所以此前的他，把所有几乎能给的权力都给了东林党举荐且全力支持的袁崇焕，可结果却给了他一记狠狠的耳光。
不管袁崇焕在“己巳之变”中是否该承担最主要责任，重要的是，事情发生了，而他是东林党举荐的，当时主政的也是东林党，那么，他们就要承担责任，而且，这口黑锅还无比巨大，因为皇太极的这次入关是自“土木堡之变”一百多年后，明朝再一次被敌人杀到北京城下。
这样的局面是年轻的的崇祯皇帝无法接受的，他给了东林党主政的权力，内阁以东林党人为主，最关键的辽东军务以东林党人举荐的袁崇焕为主，可以说，他能给的都给了，至少，崇祯元年至三年时的崇祯还没有后来的那么多疑，也没有朝令夕改的犹豫，但依旧被打击到了。
后金入侵的锅，崇祯是不会背的，也不应该由他背，而且，因为崇祯把对袁崇焕的恨放大到了整个东林党身上，东林党内阁也随即分崩离析，韩爌被罢免，袁崇焕的直接举荐人钱龙锡要不是黄道周力争，也差点被杀，中立的李标也主动辞职。
特别是在“己巳之变”中临时启用的东林党大佬孙承宗也能轻易安抚祖大寿被崇祯知道后，崇祯就完全舍弃东林党了，此后直至崇祯十七年李自成攻入北京，崇祯皇帝使用和更换过数十名内阁大学士辅政，但都没有再让任何一名东林党人入阁，没有人入阁，东林党始终只能龟缩在南方。
崇祯中后期，东林党在北京朝堂上扛旗的是黄道周，但他起的作用的帮助崇祯弹劾其余官员，像钱谦益这样的东林党党魁，竟然没有任何官方职务。这也导致了崇祯皇帝和东林党的关系很恶劣，李自成大军进北京前，有机会迁都的崇祯临死也不愿意南下，大概也有这方面原因在内，毕竟，江南是东林党的主场。