回民的反叛是有着历史原因的，回民是信仰伊斯兰教的，在信仰上就和汉族有着巨大的差距，汉族普遍盛行的儒家观念在回民那儿根本就行不通，因此在文化上也有着很大的差距，这样的各种差距使得汉民和回民之间的关系非常的恶劣，可以说当时回民看待汉民就像是看待凶残的异族人一样，而汉民也是非常看不起回民认为他们低等下贱，根本不像是一个国家的人，到了同治年间，有些地方可以说是已经是势成水火。

除了民间的歧视纠纷之外，在官方上回民也受到了一定程度的歧视，回民一旦犯事受到了惩罚要远远超过汉民，而且每次打官司的时候官方都是偏向于汉民。而且回民大多生活在人多地少的地方，在土地上和汉民的争执非常的多，经常发生很多争端，在清朝强势的时候还好，但是在同治年间清朝已经有点不行了，所以回民彻底爆发了，想要分裂出一大片的土地成立他们的国度，在这场战争早期，回民经常仗着人多势众，大规模的进行屠杀，后来战败之后回民也是死伤惨重，可以说是谁都没有占到好处。