而在医学方面，傅山也有丰富的医学著作。傅山擅长的医学领域很多。他一生乐善好施，为老弱妇孺看病，在当时人称他为“医圣”。留有的医学著作有《外经微言》、《辩证录》、《大小诸症方论》、《石室秘录》等等。值得一提的是傅山著作《傅青主女科》，是一部讲述治疗妇科病的医学书籍，傅山在里面提出的医学观点，至今仍被认可。