除了外部的军士大幅减员，军中高层内部的矛盾也渐渐扩大，此时的高桂英已经不幸战死，起义军没有了主心骨，各大部将为了争权导致矛盾不断。直到起义军的最重要的一名元老级人物李过去世，军中争权夺利达到顶峰。最终，李过之子，素有“小闯王”之城的李来亨率兵分裂出去，继续与清兵进行抗争，其余部众很快被清兵剿灭。

最后，李来亨的部队在与清朝抗争十几年之后也被剿灭，至此，李自成所有部众全灭。