起义之后，在萧何的谋划下，刘邦成为了起义军的首领，萧何自己成为了刘邦的刀笔吏，也就是类似于现今秘书一类的职务。

萧何一直尽心尽力的辅佐刘邦，为刘邦出谋划策。在进入咸阳城后，刘邦和众将士被咸阳城的繁华所吸引，沉醉其中不愿醒，只有萧何一人保持着高度的清醒。萧何派人包围了丞相府与御史府，不让他人入内。同时，萧何将两府中的图书典籍一一登记在册。秦朝当时的大小事务皆归两府管理，里面的图书典籍包含了秦朝的人口、地形、法律等各个方面。萧何在当时之所以会注意到这一方面，这跟他是刀笔吏的身份有关。