燕王朱棣在见到姚广孝后,十分赏识他在佛学之外知识的积累,认为这是一位志向远大,见多识广的人,把姚广孝当作自己很好的朋友,明太祖死后,朝廷上下非常不满建文帝做皇帝,谋反的势力也越来越强,姚广孝建议朱棣站出来,他说自己只知道天道,只知道当今大明王朝皇帝的位置只有你能坐,我们不用管是不是民心所向。至此朱棣反叛的意识愈加坚决,姚广孝也暗地里招募将士和有才干的部下来辅佐朱棣。
建元元年,明成祖起兵,开展了历史上著名的靖难之变,在长时间的战争奔波后,战士们身心疲惫,姚广孝认识到这一点,他果断想朱棣建议,不要再继续攻打王都周边的城市了,我们应当赶快向南京挺进,南京的防守较弱,又是战略至关重要的决胜点,我们何不集中兵力一举击破。成祖采纳了姚广孝的意见,攻下南京称帝。之后成祖想要奖励姚广孝的战功,但是给的东西都被回绝了,他还把一些黄金发给同宗的人。自己仍旧只是住在寺庙。永乐十六年,已经八十四岁高龄的姚广孝身患重病,明成祖亲自前往探望。姚广孝死后朱棣大哭,赠他谥号恭靖。