但是好景不长，在1725年，雍正开始为难隆科多，并开始有计划性的打击。那么，为什么雍正会在短短两年的时间，大改自己对隆科多的态度呢？

究其原因，主要还是隆科多开始结党营私，以一副高傲的面孔面对雍正，这让雍正意识到自己的皇权开始承受他的攻击。隆科多自称自己是诸葛亮，称自己在康熙快死之日，带着匕首进宫以防不测，这虽是他快倒台前说的，但难免他平时会不会还有如此话语表露出来。而且还大肆宣扬自己位居步军统领，权利甚大，可以随意调动2万大军。这些话多少暴露出了隆科多当年支持自己的真相，让雍正有所忌讳，内心极为不满。

最让雍正没法忍的就是，隆科多开始同年羹尧一样，对官员的派向予以干涉，虽说隆科多是吏部尚书，采取的还是正规的途径，但是谁都知道任命百官这是帝王所作行为，隆科多身为臣子，却敢这么做，就是摆着要结党营私，是雍正所不能忍。

在年底，隆科多辞去统领一职，但是事情没有完，雍正就公开的打压隆科多，君臣关系破裂。

在1727年，隆科多与沙俄谈判的关键时刻，被急招回京城，雍正以41条罪名扣在隆科多的身上，这样的一个位极权臣的隆科多也就瞬间身败名裂，失势的次年就死于圈地。

总的来说，隆科多是注定的，君主对臣子的猜忌，自古以来都是存在的，只要是谁触犯了自己的至尊的皇权，给予的结果就是猛烈的打击。