然而，除了正史的记载，马皇后死后的明清许多人在他们的书中都对此事抱不同看法。有人断定，马皇后只有两个儿子，也就是最小的两个，包括了朱棣；有不少人认为，马皇后只生过两个女儿而没有儿子，朱棣是别的嫔妃所生；也有人干脆判断，马皇后一生从未怀孕，史书上所说的子女都只是她抚养长大而已。

这些提出质疑的人，大多是在史学方面颇有研究的专家学者，而且他们基本上不是无端猜测，都有自己的依据和史料。所以，对于马皇后到底生了几个儿子，史学界才如此众说纷纭。不过五个儿子中，朱棣不是马皇后的儿子的可能性极大。因为朱棣在侄子惠帝在位时，发动靖难之变最后起兵夺了他的皇位，称帝后朱棣需要一个嫡子的身份来证明自己的正统性，所以他可能之后修改了历史，欺瞒了世人。