就在加封嘉赏之后的三个月，古屯、大凌河等城都被毁坏，孙承宗派人重新修筑。无奈这个时候清军又突然压境，孙承宗在慌忙之中赶往了荆州，还派了些人前去救援，但是因为辽东巡抚改变了出师的日期，导致前去锦州救援的吴襄等人被清军岁打败。而这个时候刚刚修好的大凌河又被毁坏了，于是朝廷中的许多大臣都责怪说是孙承宗修筑破旧的城池导致看了这次失败，还说孙承宗是丧师辱国。于是孙承宗就再次以病请辞，还上书了边关政事十六件事，但是这些建议明思宗看了之后并没有采纳。孙承宗就在高阳城住了七年，尽管明思宗多次打算召用孙承宗，都被他给拒绝了。

公元1638年的时候，清兵再次大举压境，十一月的时候清兵到了高阳城。孙承宗带着全家人守城，但是这个力量简直是螳臂当车。很快高阳城破，孙承宗全家被擒住。最后多尔衮下令把孙承宗绑在马尾巴上给拖死了。