后来，窦婴听从高遂的劝解，出山回朝。窦太后曾多次推荐他来担任丞相，但汉景帝认为窦婴骄傲自满、办事草率的性格不足以担当重任，便一直没有答应。直到汉武帝刘彻继位之后，窦婴才被任命为丞相。

窦婴是个崇尚儒家学说的人，而窦太后却喜欢黄老学说，这注定了他们在观念上的不同。窦婴推荐了赵绾、王臧等人为官，他们不断推崇儒家学说，从而贬低道家学说，导致太后对他们愈加不满。此后，赵绾奏请汉武帝不要将政事告诉太后。窦太后听闻，十分愤怒，遂罢免了赵绾、王臧、窦婴一干人等的职务。同时被罢免的还有太尉田蚡。

失去了窦太后的支持，窦婴很快就被汉武帝疏远，而田蚡虽也被罢免，却因为身份是汉武帝之母王娡的弟弟，反而渐渐被重用。后窦婴由于灌夫之事与田蚡交恶，于元光四年被处死。