1916年6月6日，也就是他称帝后的第二年，在一片内忧外患中，焦虑生疾，困郁而终。其继任者黎元洪决定“民国肇建”，命国务院为袁世凯举行了一场集古今中外皇庶官民新旧典制混为一谈的国葬。并且令各灌输、军营、军舰、海关下半旗二十七日，出殡当天全国下半旗一天，鸣炮108响，京师各大学校皆规定当日听课。