郑成功去世后，台湾的郑氏子孙早已没有了反清复明，收复大陆的雄心壮志，他们偏安一隅，做起了土皇帝。康熙帝多次派使臣与台湾的郑经谈判，希望能和平收复台湾，可是郑经却不想做大清子民，一直把谈判当做缓兵之计，企图把台湾从祖国分裂出去，康熙帝终于忍无可忍，决定武力收复台湾。

康熙二十年（1681年），长期主政台湾的郑经去世。郑氏诸子争位，郑氏政权陷入内讧之中。最终郑克塽即位，但是很不得人心。康熙帝趁机启用施琅，在大臣李光地、姚启圣的帮助下率领福建水师，东征台湾。施琅长期在海上作战，对海上风向，潮汐等非常熟悉，经过充分准备，只用了几个月的时间就一举歼灭了郑氏精锐部队，打开了台湾岛的门户，郑克塽不得不宣告无条件归顺大清。

尤其值得称赞的是，施琅以大局为重，不仅没有为报杀父之仇而滥杀无辜，没有杀掉前来投降的郑克塽等郑氏族人，而且还到郑成功庙祭拜，肯定了郑成功从荷兰人手中收复台湾的壮举和开发台湾的贡献，同时厚待郑军将领，录用郑军中有才能的官员。施琅的宽容大度，以德报怨，以仁化仇，获得了台湾人心。

此后施琅一直驻守福建，并得到康熙帝的重用和百姓的拥戴，康熙特准在澎湖大山屿妈宫城内及台南城内样仔林街建生祠，称为“施将军祠”。死后葬于福建惠安。今天在福建晋江市施琅纪念馆中，有这样一副对联：“平台千古，复台千古；郑氏一人，施氏一人。”准确地概括了施琅与郑成功的丰功伟绩。他们同为民族英雄，同样得到人们的敬佩。