商鞅变法也具有否定和消极的一面。商鞅贯彻李悝的重农抑商措施，鼓励百姓多多开垦荒地，发展农业和手工业，却严重打击秦国时期商业的萌芽。在文化方面，商鞅焚烧了儒家经典著作，压抑了秦国先进分子的思想潮流，这一做法虽然有利于统治者加强统治，但是从另一方面压抑了进步思想的萌芽。

从最终结果上来看，商鞅变法失败了。他触动了贵族阶层的利益，遭到他们的阻碍和废除。秦惠文王时期，商鞅变法已经深入人心，秦惠文王意识到商鞅对他统治权具有威胁性，于是将商鞅及其党羽一网打尽，变法运动由此叫停。