方国珍还有一个女儿，嫁人后就到了云南定居下来。

方国珍的侄子方行也是一个名人，先前也做官，后来跟随他的叔叔投降于明朝。不同于方鸣谦，方行是个文人，他喜欢诗词歌赋，他的书画在当时也是非常有名的，编写了不少书籍，比如《东轩集》等。

方关、方礼也都是方国珍的后代，也纷纷在朝为官。虽然方国珍以海盗出生，但是这样一个海盗，却养出了一批优秀的儿女，也实属难得。

值得一提的是，方国珍后期因为反元朝斗争失败，遭到元朝的追杀，在当时反朝廷可是诛九族的重罪，方国珍为了保全他的后人，将他的后代改姓。