契丹作乱之时，狄仁杰再次被启用，被武则天拜为丞相。晚年时，狄仁杰多次向武则天请辞，武则天都不允许。武则天对狄仁杰十分尊敬，甚至不让他行跪拜之礼。

700年，狄仁杰病逝，享年71岁。狄仁杰凭借着自己的智慧，在复杂黑暗的官场之中，得以保全。他的死是寿终正寝，属于自然死亡。