三月，黄巢率军转战江南，与旧部相呼应，攻下江南众多地方，后又进入福州，转入广东。由于江南气候湿热，军队多患疾病，于是黄巢决定再次北上，进逼江陵，黄巢挥兵力战，唐军数十万人死于黄巢的兵下，黄巢随即占领江陵。

中和元年黄巢进入长安，黄巢军队给百姓分发财物，受到百姓的欢迎。广明元年，建立了大齐政权。不久他的部署在长安城杀人无数，没收百姓的家产使得百姓不能正常工作。第二年，唐军反攻长安，齐军当夜反攻将唐军赶出城外。黄巢认为城民帮助唐军反攻，于是率兵屠杀满城，血流成河，使得长安城变成了一座空城。