林俊因弹劾皇帝的心腹而使宪宗容颜大怒，宪宗一心想处死他，谁的话也不听。此事被怀恩知道后，冒死力阻宪宗，宪宗愤怒之下拿起墨砚就扔怀恩，并骂他多事。怀恩一边拖住林俊被杀的时间，一边装病不起。宪宗闻后气消了大半，安排太医诊治怀恩的同时也放了林俊。

成化十四年发生了一起兵变事件，太监汪直想邀功，便奏请皇上让他去。怀恩知道此人去一定会坏事，极力反对汪直前往抚平兵变。宪宗听取了怀恩的建议改派他人前往，顺利平息兵变。

怀恩每遇事，都会据实禀告，从而避免了很多不良后果的发生。他廉洁自好，更是被后人称赞。曾有人想进贡宝石讨好锦衣卫求一职位，怀恩毫不犹豫地拒绝了他的请求。

怀恩遇事刚正不阿，不畏强权，影响了当时锦衣卫的行事作风，他所做的功德是大家有目共睹。