后来，王家的权利达到了一个高峰期，王家有王导在朝任宰相，有王敦控制着长江中游地区，在任的官员有四分之三都是与王家相关的人。这样，在一定程度上就引起了皇帝司马睿的不满，毕竟自古以来，权利是引起争端的源泉。后来司马睿任用戴渊等人来牵制王家的势力。

可后来，王敦以王导诉冤为由，起兵攻打建康。王敦取得胜利后，将司马睿囚禁在宫中，独自掌握了大权，司马睿的皇帝之位变得形同虚设。在后来王敦还想进一步夺权的时候，王导作为一个恪尽职守、忠诚的人，他极力反对并出来维护皇室的尊严。

司马睿见大势已去且自己终日被囚于宫中，长久以来便忧郁而死。后来，太子司马绍继承皇位，王导尽心尽力地辅佐他。就是在后期王敦意图谋权的时候，王导也坚决地予以反击，调和了两家的矛盾，形成了一个相对平和的局面。