而关于秦始皇的死因众说纷纭，一种是认为秦始皇是病死的，另一种则认为他是被人害死的，孰是孰非，至今也无法得到证实。

且说秦始皇年自幼体弱，且为人刚愎自用，亲政后诸事身体力行，工作给他带来高强度的劳累，加上他外出巡游时为夏季，天热本易引发疾病，致使他的途中病逝。而传说秦始皇得知自己命不久矣曾写遗书给长子扶苏使其奉命送葬，但还未将信发出去便逝世。

关于秦始皇的疾病，并无法考证，有人说是他得了癫痫，而郭沫若曾据史载描写了秦始皇死时的症状，而他在车内病逝一段时间方被李斯等人察觉。

关于；另一种说法则认为是赵高等人为了自己的利益与秦始皇的幼子胡亥联合将秦始皇谋害，为的是赵高曾与蒙恬一族有仇，不想秦始皇传位给扶苏（扶苏与蒙恬关系较好），遂谋害秦始皇，改拥立胡亥为帝，逼死扶苏。