想到赤壁之战以前，刘琦还活得好好的，谁知道打完赤壁一战，鲁肃去找刘备讨荆州，刘琦就在这时就去世了。也有人猜测，也许是刘备正面讲仁义，不夺刘表的地盘，暗地里整死了刘琦，这也是并无可能的。

后来还有人提出刘琦是因为自己父亲的所有基业落到别人的手里，而自己还要寄人篱下，看别人的脸色，于是日渐沉迷，郁郁而死。还有甚至说他是死于酒色的，却不怎么让大家相信，毕竟以他的为人，连他父亲都称之为“贤”，这样的一个人说死于酒色是不大让人相信。就算他没那个本事斗过刘备，但相信他的为人也会寄志于诗书，而不会是酒色。

唯一得到证实的是，刘琦是在建安十四年的时候，因病去世了。