东陵盗案之后，在当年8月时皇帝溥仪派大臣开展墓穴善后事宜，在此次处理过程中，大臣们于废墟中惊奇地发现了一具保存完好的女性遗体，历经百余年竟尚未腐烂，后经查证为孝仪纯皇后遗体。人们在参与此次整理任务官员们的日记中发现了大量关于此事的记载。

官员们在日记中大多提到孝仪纯皇后遗体“面目可辨、笑容可掬”，孝仪纯皇后的安葬之地并无特别之处，而官员们发现时，遗体已是掉落在棺椁之外，况且和纯皇后安葬在同一地宫共有六人，除孝仪纯皇后外，其余均以化为乱骨。此事让当时的人们吃惊不已，甚至相传孝仪纯皇后具有佛性。

孝仪纯皇后遗体经久不腐之谜直到现代还没有办法给出科学解释，每每谈起总使人惊叹不已。