身体的重伤以及当时人们对他精神上的伤害，使得马吉芬痛苦不已。最后在美国的医院里，他趁大家不注意，偷偷地从箱子中拿出一把手枪对准了自己选择自杀，带着他的愤恨和疼痛离开了这个让他又爱又恨的世界。马吉芬自杀的这一天正是他非常敬重的中国海军将领丁汝昌去世的纪念日，也是他的好友杨用霖为国捐躯的日子。

马吉芬墓

马吉芬墓在宾夕法尼亚州的华盛顿公墓中，墓前立着的墓碑上刻着墓志铭：谨立此墓以纪念虽然深爱着自己的祖国，却把生命献给了另一面国旗的勇士。墓座上还镌刻着：一颗破碎的和忏悔的心灵，哦，主啊，希望不要轻视我。这是马吉芬临死前的忏悔词。而这墓中安葬的便是与北洋水师颇有渊源的美国人马吉芬。

马吉芬画像

马吉芬从小梦想成为一名海军，为了实现梦想，他来到遥远的中国并加入北洋水师，还作为副舰长参加了黄海大战。他英勇作战，可惜的是战后他身受重伤，还做了战败的替罪羊，带着不解和伤痛他离开了中国。回到自己国家的马吉芬在面对西方媒体的歪曲事实，他开始到处演讲，极力为北洋水师申辩，向大家宣扬中国舰队的英勇，但他的演讲并没有得到认可，自己还被认为是精神失常。愤恨以及疼痛使得马吉芬在医院选择了自杀。

他入殓时身上穿着的是北洋水师的军官制服，在他的棺材上的星条旗上盖有一面黄龙旗，马吉芬墓碑上还雕刻着中国和美国两个国家的国旗。马吉芬的遗物收藏于美国亚洲文化学院历史博物馆，并没有在他墓中。而马吉芬墓上还有他的父亲曾经写下的一句话：他只是因为无法忍受体内无法取出的上百块弹片带来的无尽痛苦才自杀的。尽管如此，中国人民也不会忘记他在中华民族最困顿的时候给予的支持与帮助。