改土归流后期，仍有一些上层土司不甘心，伺机复辟。雍正十三年春，贵州古州上层土司鼓动百姓叛乱，雍正帝派兵镇压失败，之后乾隆登基后派大臣前往当地经略，才逐渐定叛乱。改土归流的过程虽然不久，但改土归流的实行推动了社会政治经济的发展，减少了叛乱的因素，加强了中央的统治，巩固了各民族的关系，推动各地区政治经济文化的交流与发展。