在政治上，沈鲤也是做下过不小的贡献，如沈鲤曾治理过黄河，万历年间的黄河曾多次泛滥成灾，给沿岸的百姓带来了不小的灾难，于是沈鲤为民请命，希望朝廷可以修筑两个大堤。最后得到朝廷的批准，修筑了两道全场490多公里的大堤，黄河沿岸的百姓都非常感谢沈鲤，自此以后河南各县也不再受黄河洪水的侵害。

万历四十三年六月即公元1615年的7月11日，沈鲤在商丘因病去世，万历皇帝知道后非常伤心，在祭文中，万历皇帝称沈鲤是乾坤正气，伊洛真儒。