韦昌辉的屠杀和他的残暴统治激起了天京将士的愤怒，而石达开也要求洪秀全惩罚韦昌辉，于是洪秀全在11月初将韦昌辉以及他200多人的心腹全都处死。在11月底石达开回到天京，洪秀全任命他掌管政务，但是对他还是心存疑忌，因此封自己的兄弟为王，并且处处对石达开牵制。1857年6月石达开率领部队出走，1863年5月陷入清军的包围，全部被剿灭。

天京变乱使太平军的元气大伤，并且丧事了陈胜歼灭敌人的有利时机。并且在精神和思想层面的损失才是最严重的，天京事变的恶果不是军事能力的下降，也不是土地的丧失，而是神话宗教体系的崩溃。