新疆回乱的经过还要从1864年开始说起，当时库车的河工在修建水利工程的时候将监工杀死从而引起了动乱，于是 库车地区的几个回族人和外地人集合在一起发动了起义活动，驻守在当地的办事大臣发出紧急求助，而发起暴动的人民逼迫君王爱玛特担任这次起义活动的领导，可是爱玛特并没有答应，也被起义人民立即杀死。之后发动暴乱的人又陆续占领了玉古尔等地区，不久之后连阿克苏地区也沦为暴乱人民的领地。之后暴乱的人民又到了乌鲁木齐地区，并且伙同当地的参将一起参加起义。他们的攻势非常强大，到了巩宁地区的时候，因为当地的士兵大多没有战斗力，只有等待伊犁等地区的援兵，可是援兵却始终被拦截在乌鲁木齐的北方。

新疆回乱经过了巩城之后，因为没有能力再继续攻占喀什葛尔汉城，所以派人去浩罕汗国求援，可是却没有想到在他们派来援军的同时也将许多暴动者的首领镇压消灭，在这种情况下阿古柏占领了新疆南方地区，并且持续了十几年。而俄国也趁机发动了侵入新疆的战争，从此后伊犁地区沦落到俄国手中。