面对印度尼西亚对当地华人做出的种种恶行，中国民众在全国各地展开了游行示威，我国政府则表达了自己的不安，并对此事进行的主要关注，并没有采取任何的军事手段，当然这并不是我国政府惧怕印尼的军事进攻，而是因为我国的相关的政策，在国际上我国严格遵守和平共处五项原则。同时在中国法律上是不承认双重国籍的，如果贸然对印尼采取军事行为则属于干预别国内政，这严重违背了和平共处五项原则。那么印尼排华事件中国报复如何进行的呢？

如果坚持和平的做法是在明处，那么中国方面在暗处对印尼排华事件做出的抗议或是报复就很多了。在马六甲海峡中国以自卫为缘由，扶植泰国、缅甸等发展海军，并且建立了空军和海军地基，由此遏制了印尼在马六甲海峡的军事发展。 1999年中国海军曾经南下增加兵力援助泰国攀牙，名义是接受泰国方面的邀请，其实际目的则是用武力威慑印尼海军。当然之后还有一系列的事件，使得印尼于2003年与中国签订了相关协定，将当年与印尼排华事件相关的军队、警察等涉案人员进行了秘密抓捕，由此面对印尼排华事件中国报复才得以停止。