隋末农民起义的结局也是三支强大的起义军的结局。作为起初势力最大的瓦岗军，在形势一片大好的情况下，出现了内部的纷争，又因为军事上的错误决定，军队也没有进一步的发展。李密作为领导人，怀疑属下要夺权，就将其杀害，还重用了来自隋朝投降的将领，使得之前跟着的士兵渐渐离心。

甚至，他还接受了杨侗的封官，与王世充大战，最后惨败。之后又投靠了李渊，但很快又想着离开唐再次起义。最终被唐朝的大将盛彦师所杀，轰轰烈烈的瓦岗军就此彻底失败了。在瓦岗军失败之后，李世民派军队去攻打在洛阳的王世充，王世充向窦建德求救。尽管双方联合前去迎战李世民，但还是在虎牢关被唐军大败。再加上之前早已向唐军投降的杜伏威军，至此，唐军获得胜利，隋末农民起义的结局也就此定格。

隋末农民起义最终均以失败告终，以李渊李世民为首的唐军收获了这场反隋战争的最终的胜果，成功推翻了隋朝的腐朽统治，建立了中国历史上著名的唐朝盛世。