等到他服丧期满后，朝廷就任命他为行人司行人，还进行礼仪性的仪式。因为平时的工作比较空闲，所以高攀龙有大量的时间来阅读书籍，深入研究了二程和朱子的作品。高攀龙还另外编写了一则《日省编》，将先人的语录附在了文章的下面，作为初学者的指南。

那段时期，明神宗已经长期没有处理政务了，朝中大臣议论纷纷，国力日益衰弱，高攀龙随之附上了自己的奏折，但是并没有起到什么效果。万历二十二年，因为高攀龙斥责杨应宿等人诬陷而被神宗下旨贬为广东揭阳典史。

高攀龙于是只能前往揭阳进行任职，在他前往的路上就已经立下了规矩，他要求自己要静心修养，不要被外界的事情所干扰。等到了揭阳之后，高攀龙每天都会教授学徒，还培养了许多人才，另外还经常去观察民情，严惩当地恶霸。在他任职的半年内，他结识了许多有识之士，对他的学术产生了很大的影响。