而安西都护府是唐贞观时期设立，用来控制西突厥。最开始设在西州，后来又迁到龟兹。囊括了现在新疆，吉尔吉斯坦等国的相当一部分土地，面积大约达到了三百万平方千米，历时约一百七十年左右。相比西域都护府而言它更加命途多舛一点，在670年曾经被吐蕃攻陷，直到武则天长寿二年才收复，它的名称也经过多次改变，也有一段时间被称为安西大都护府。安西都护府的成功建立既是巩固统治，同时也保护了丝绸之路的发展。

所以西域都护府和安西都护府虽然都是封建中央集权制下建设在边境管理西域各地的管理机构，但是一个成立于汉朝，一个诞生于唐朝，不能等同而论。他们都是一定时期出现的必然产物，是维护国家稳定，边境安宁的重要机构。